ההונאות , שהתבצעו בשלוש השנים האחרונות, נחשפו במסגרת ביקורת חדשה שמפעיל החשב הכללי בכל משרדי הממשלה
350 מיליון שקל הוחזרו לתקציב משרד החינוך בשלוש השנים האחרונות בעקבות ביקורת שנערכה במשרד, אשר חשפה חוסר יעילות ומקרי הונאה רבים בשימוש בכספי המשרד. את הביקורת ניהלה יחידת החשבות של משרד החינוך כחלק מתוכנית ביקורת חדשה שמפעיל החשב הכללי במשרד האוצר בכל משרדי הממשלה בשנים האחרונות.
בביקורת נחשף כי בשלוש השנים האחרונות הוצא מתקציב משרד החינוך סכום כולל של 352 מיליון שקל למטרה אחרת מזו שלשמה נועד. כך, למשל, התגלתה בביקורת מכללה ארצית שהוציאה ממשרד החינוך תשלומי יתר בסכום של 8.5 מיליון שקל באמצעות דיווח על תלמידים פיקטיוויים. בדרך זו הצליחה המכללה לממן בית ספר שלם, אשר לא היה מתוקצב על ידי המדינה, באמצעות ניפוח דיווחים מבתי ספר קיימים. המקרה הועבר לחקירת המשטרה.
המשטרה חוקרת גם מנהל בית ספר שהצליח להוציא ממשרד החינוך במרמה מיליון שקל באמצעות דיווחים כוזבים על תלמידים ומורים פיקטיוויים. כך, למשל, דיווח המנהל על מורה שעבר שבץ מוחי ולכן הפסיק לעבוד. מקרה נוסף שהועבר לבדיקת המשטרה היה של מכללה להכשרת מורים שבה נתגלו מעילות בכספי המכללה ושחיתויות בהיקפים גדולים.
12 מיליון שקל בעקבות דיווח על שעות פיקטיוויות
בביקורת, שנערכה במכון שסיפק שירותים למשרד החינוך בנושא בחינות הבגרות, התגלה כי המכון דיווח על שעות פעילות פיקטיוויות וניפח את היקף פעילותו המדווחת למשרד. המכון נדרש להחזיר למשרד החינוך 12 מיליון שקל. במקרה של רשות מקומית בצפון קוזזו 3 מיליון שקל מתקציבה, לאחר שראש הרשות השתמש בתקציב החינוך למטרות אחרות. במקרה אחר התגלתה חברה שבנתה בניין על קרקע פרטית מתקציב החינוך.
תקציב משרד החינוך מסתכם ב-23 מיליארד שקל. 8.5 מיליארד מעביר המשרד לתשלום שכר למורים בבתי הספר היסודיים. שאר התקציב מועבר ברובו לתשלומים לגופים המשמשים מתווכים מול המשרד. כך, למשל, המשרד רוכש שירותי חינוך מקבלנים שונים או מעביר כספים לרשויות המקומיות ולגופים המפעילים בעזרת תקציבים אלה בתי ספר. כתוצאה מכך חלק גדול מתקציב משרד החינוך מועבר דרך גופי משנה או מתווכים, ולמשרד לא היתה עד כה ידיעה ממשית על השימוש הסופי בתקציב. הביקורת הנוכחית היתה הפעם הראשונה שבה נערכו בדיקות בשטח הנוגעות לדרך העברת תקציב משרד החינוך והגעתו או אי הגעתו ליעדים שסומנו.