תחקיר ראשוני של צה"ל על התקרית שבה נהרגו אזרחים פלשתינאים מהפגזת מרגמות ישראלית במחנה הפליטים ג'באליה ב-6 בינואר, מעלה כי הירי הישראלי החטיא את יעדו בכ-30 מטרים והביא לפגיעה באזרחים. עם זאת, גורמי צבא בכירים אומרים כי קיים ספק רב אם מספר הנפגעים בתקרית הוא כה גבוה, כפי שמתאר חמאס: 42 הרוגים ועשרות פצועים, מרביתם אזרחים.
תחקיר התקרית נעשה בחטיבת הצנחנים, שבגזרתה אירעה התקרית. מתברר כי מערכת איכון של צה"ל זיהתה שיגור רקטה מחצר בית הצמודה לחצר בית הספר של אונרוו"א שבו שהו האזרחים (ולא מחצר ביה"ס עצמו, כפי שטענו דוברים ישראלים תחילה). הכוונה הראשונית היתה לירות טיל מהאוויר, אך הדבר לא הסתייע.
כתחליף, הוחלט על ירי מרגמות לעבר מקור הירי. אין מדובר במרגמות כפי שמפעיל חמאס, אלא על מערכת חדישה יותר, המצוידת במכשיר ניווט לווייני (ג'י-פי-אס) המכוון את הירי. עם זאת, טווח הסטייה הממוצע של הפצצות מהיעד עדיין עומד על כמה עשרות מטרים. כוח הצנחנים ירה שלוש פצצות. מבדיקות שעשה צה"ל מאוחר יותר, עולה כי שתי פצצות פגעו בחצר הבית שממנו שוגרה הרקטה. מהירי נהרגו שני אנשי החמאס, ששיגרו כנראה את הרקטה. פצצה ישראלית שלישית נחתה בבניין בית הספר, כ-30 מטרים משם ופגעה באזרחים.
בדיעבד, טוענים חלק מהקצינים ששוחחו עם "הארץ" כי בחירת אמצעי התגובה היתה שגויה: היה מקום לשתק את הרקטה, אולם בירי מדויק ולא במרגמות, הפחות מדויקות. ככל הידוע, בית הספר של אונר"א מסומן במפות שבידי כוחות הצנחנים הפועלים באזור. מניסיון של תקופות לחימה קודמות, ידוע שאזרחים נוטים למצוא מקלט בבתי ספר הקשורים באו"ם.
עם זאת, קצינים בכירים הביעו ספק רב באשר למספר הנפגעים שמציג חמאס. הם ציינו, לשם השוואה, כי בתאונה שבה נפגע כוח גולני מירי טנק בשכונת סג'עייה בעזה לפני כשבוע, נורו שני פגזי טנק קטלניים בהרבה. אולם, אף שהיו בבניין כ-50 חיילים, נהרגו שלושה ונפצעו כעשרים מהם. לדבריהם, מספר ההרוגים עליו דווח אינו סביר ונראה שחמאס מנפח במידה רבה את ממדי האסון (כפי שעשה גם חיזבאללה, למשל, בשעות הראשונות לאחר אסון כפר כנא השני ביולי 2006).
