זמן קצר אחרי מלחמת ששת הימים קבע ברוך קורצווייל כי הציונות לא תהיה מסוגלת לנטוש את השטחים שכבשה במלחמה, כי נטישת השטחים פירושה בשביל הציונות "להודות בכישלונה כדוברת ומוציאה לפועל של רציפותה ההיסטורית של היהדות"
הרב גורן תוקע בשופר לרגלי הכותל המערבי, 1967. עיני הנפש שלו היו א-היסטוריות
תצלום: לע"מ
עמדתו הבסיסית של קורצווייל, שהזינה הן את אמונתו והן את משבר הערכים הגדול שהיה נתון בו, היתה אנטי היסטורית במובהק, ושורשיה היו נטועים עמוק במחשבה הגרמנית בשאלות פילוסופיה של ההיסטוריה. היסטוריה וערכים היו בעיני קורצווייל כמעט סתירות: מי שהופך את יהדותו עניין למחקר היסטורי, ומבקש להבין למשל תפילה מהי על ידי השוואות נוסחים של תפילות והשוואות פילולוגיות "תפלות", יהדותו כבר אבדה לו. מכאן שההיסטוריונים, אותם "קברני יהדות" לדעתו, מבקשים לתפוס באיזמל המחקר המדעי את האמונה, תופעה שאיננה ניתנת לרדוקציה להיסטוריה או לפסיכולוגיה באופן עקרוני.
קורצווייל כתב על "דובריה המדומים של היהדות", אלו שעסקו ב"טקס הקבורה המבהיל" שלה, שהתיימרו לדבר "בשם ההיסטוריה" כביכול, ודווקא מפני שעשו זאת כהיסטוריונים. בעיניו, מי שמדבר בשם ההיסטוריה נהפך לקריקטורה
דיוקן עצמי מאת קורצווייל בדמותו של דירר
במקרה אחד או דמון מסוכן במקרה אחר (וזה היה שורש פולמוסו רב האמוציות עם חוקר הקבלה גרשם שלום).
לכן חש קורצווייל קרבה עמוקה והערצה לפילוסוף הגרמני שופנהאואר: ההיסטוריה, כמו אצל אריסטו, צמודה מדי לאירועים ומלמדת רק על מה שהיה, לא מה יהיה, ואין היא אלא "רקמת שטויות בשביל הוגה דעות בעל שיעור קומה", כדברי גיתה, שקורצווייל אהב לצטט. לכן הפולמוס שלו עם שלום, שנגע בדיוק בשאלת גבולות סמכותו של המחקר המדעי היסטורי להבין הבנה "מבפנים", לא היה בחשבון אחרון פולמוס היסטורי או היסטוריוגרפי, אלא פילוסופי מובהק.
קורצווייל הירבה להישען כאמור על פילוסופים גרמניים שעסקו בשאלות של פילוסופיה של ההיסטוריה. אחד הבולטים שבהם, שקורצווייל נהג לצטטו כסמכות "מדעית" כמעט מוחלטת, וששימש לו לקורצווייל גם מצע פילוסופי לתפיסתו את הציונות בכלל, הוא קרל לווית'. לווית' פירסם את חיבורו "משמעות בהיסטוריה" לאחר מלחמת העולם השנייה (1949), ולא היה היחיד שביקש להזהיר מפני תפישה מעוותת, הרת אסון, של קידמה, שאיפשרה בין השאר את זוועות המלחמה.
לטענתו של לווית', העולם המודרני, החילוני, הוא יורש או טפיל של צורות חיים מסורתיות יותר, וככזה יש לראות אותו. ראש המדינה הוא גירסה חילונית של האפיפיור (או כל סמכות דתית אחרת); המחשבה החילונית בנוגע לקידמה (למשל, זו ההיגליאנית) היא גירסה חילונית של תפישות אסכטולוגיות שונות; וכו'. קורצווייל טען זאת על הציונות, שאותה תפש, בניגוד לשלום, כתוכנית של "גאולה", שכל כולה אינה אלא וריאציה חילונית של כיסופים שהם דתיים ביסודם. הוא אמר כי הציונים משתמשים בלשון שאת הדהודיה התיאולוגיים אין הם מבינים ושכל כולה אינה אלא וריאציה חיוורת של לשון קודש. קורצווייל טען זאת גם על מחשבתו של שלום עצמה, שאף היא אינה אלא וריאציה, מתוחכמת אמנם, של פילוסופיות היסטוריה "חילוניות" מסוג זה.
קורצווייל הירבה לצטט בפולמוסיו עם שלום את פרנץ רוזנצוייג, שבעיניו "נושאה של ההיסטוריה החילונית - ההתפשטות. העוצמה היא משום כך מושג יסוד של ההיסטוריה... היהדות, ולא שום דבר אחר בעולם, מתקיימת בכוח החיסור, בכוח הצמצום, על ידי יצירת שאריות". הדיכוטומיה הזאת היא בסיסית להבנת מחשבתו של קורצווייל: אין להבין כלל את היהדות כפי שמבינים כל תופעה היסטורית אחרת, פתרון התחייה הלאומית, קבע הוא חד משמעית, מנוגד בסופו של חשבון לפתרונו (הא-היסטורי) של יוחנן בן זכאי. לכן תחייה זו אינה אלא "טקס קבורה מבהיל" של היהדות, קבורה הזהה להשבתה אל ההיסטוריה, כלומר אל משהו שהוא זר לה ממהותה, ושאותו באופן פרדוקסלי היא מבקשת לרשת.
ברור שוויכוחו של קורצווייל עם שלום לא היה ויכוח בין שווים; קורצווייל לא שלט בחומר ההיסטורי שליטה המתקרבת לזו של שלום, אולם לא זה העניין: טענותיו של קורצווייל אל שלום לא נטענו במסגרת ויכוח בין שני היסטוריונים, אלא בין היסטוריון ה"רץ אחרי שטף הזמן" ומבקש לברר תופעה א-היסטורית בכלים קרים ולא מתאימים של היסטוריון - לבין מי שחושב שלפנינו באופן עקרוני תופעה שאי אפשר למצותה בכלי המחקר ההיסטוריים-המדעיים. לכן בעיני קורצווייל היה שלום ייצוג, מבריק אמנם אבל דמוני לא פחות, של מה שהוא כינה (בעקבות לווית') "אלילי השאננות המדעיים".
ברוח זו של לווית' פסק קורצווייל כי מלחמת 67' והפגישה המחודשת עם הכותל הן בבחינת מימוש של זרמיה התת קרקעיים של הציונות, שאינם אלא דת בלבוש מחולן. בנקודה זו, על פי קורצווייל, הסתירה המהותית הטבועה בציונות נהפכה לסתירה גלויה, סתירה הטמונה בכל תנועה רעיונית חילונית המתיימרת לתרגם עולם טרנסצנדנטי דתי למונחים ארציים. הופיע ההבדל המהותי בין קודש לחול. ומלחמת 67' היתה לקורצווייל מעבדת ניסוי שלווית' לא יכול היה אלא לחלום עליה: תפישה חילונית, שאיננה אלא תרגום מונחים של מלכות שמים, הנפגשת הלכה למעשה עם הגשמת חלומה היא, כמוציאה לפועל של שאיפות דתיות "מקוריות" קדומות יותר. לכן הציונות לא תוכל לנטוש את השטחים שכבשה במלחמה, קבע קורצווייל, כי נטישת השטחים פירושה בשביל הציונות "להודות בכישלונה כדוברת ומוציאה לפועל של רציפותה ההיסטורית של היהדות". במלים אחרות: הציונות, לטענת קורצווייל, נתפשה בסבך מושגיה שלה ללא מוצא.
ממרחק השנים נדמה, כי עמדתו של קורצווייל, על אף כוחה המפתה, איננה משכנעת. הדיכוטומיה החד משמעית בין "ציונות לפני 67" ל"ציונות אחרי 67" היא פשטנית, כשם שפשטנית גם הגישה הטוענת לרציפות חד משמעית והומוגנית שאין בה כלל הבדלים פנימיים, דקויות ואף מפנים משמעותיים. כשם שמושג הקידמה הוא במובנים רבים ניגודם של רעיונות אסכטולוגיים ולא בהכרח וריאציה "חילונית" שלהם, כך גם זרמים רבים בציונות, על אף שימוש רטורי במושגים טעונים נוסח "אור לגויים" (וכי אפשר אחרת במקרה המיוחד של הלשון העברית?) עומדים דווקא בניגוד למגמות של גאולה דתית.
את מלחמת 67' פירש קורצווייל חד משמעית כקריעת המסווה החילוני מעל פניה של הציונות, אולם בה במידה אפשר היה לראות בה הוכחה לקיומה של ציונות אחרת, שאינה מבקשת פדות וגאולה "דתית", לפחות לא בנוסח ה"נובע" כביכול מהנוסח הדתי-האוטופי של אחרית הימים.
לקורצווייל האדם היתה הציונות פגישה כואבת, מאכזבת וטראגית, של חלום א-היסטורי רב שנים עם מציאות חול אפרורית וארצית, ארצית מדי לאדם שהתעקש לאחוז באמונתו בעולם שנהפך לניהיליסטי מפני שנהפך להיסטורי. העימות הזה נהפך לטרגדיה הגדולה של חייו. "מעבר לזה, סבל איום", כתבה עליו המשוררת דליה רביקוביץ. זהו הסבל האיום של מי שעיני הנפש שלו היו א-היסטוריות במובהק, אולם עיני הבשר שלו היו ערניות ומפוכחות דיין לדעת ולהרגיש שבעולם הזה, ההיסטורי, הוא מנופף ב"חרב מיושנה".