מבקר המדינה מצא כשלים רבים בהיערכות המדינה והרשויות המקומיות לקליטת עולי אתיופיה. במשך שמונה שנים הממשלה לא יישמה החלטה שקיבלה ב-1999, להקים ועדת תיאום בין משרדי הממשלה עצמם ועם הארגונים הרבים שמטפלים ביהודי אתיופיה. היעדר התיאום פגע קשות ביעילות התוכניות לעולים, ובשימוש במשאבים שהועמדו לרשותן.

משרד הקליטה, למשל, ערך בין 2000 ל-2003 סקר דמוגרפי שבחן את מאפייני קהילת העולים - אבל לא נעשה שימוש בתוצאות כדי לגבש מדיניות טיפול. זאת על אף שהסקר עשוי היה לסייע למשרד הרווחה, שבמשך שנים לא היו לו נתונים על משפחות הזקוקות לסיוע. מיפוי כזה נעשה רק ב-2006, יותר מ-20 שנה אחרי תחילת העלייה. רק בשנה שעברה הוקמה ועדת תיאום בין-משרדית והשנה נחשפה תוכנית לאומית לקליטת העולים שקבעה, לראשונה, עיקרון של שירותים מותאמי-תרבות. נמצא כי עד סוף 2006 מרבית העובדים הסוציאליים שטיפלו בקהילה לא היו יוצאי אתיופיה ולא קיבלו הכשרה ייחודית.

המבקר בדק את טיפולן של עיריות נתניה ואשדוד בקהילות יוצאי אתיופיה, המהוות 6% ו-3% מתושביהן, בהתאמה. הוא מצא שהמעקב אחר מצב העולים לקוי וחלקי, כשכל עובד סוציאלי טיפל במקביל במאות תיקים. העובדות הסוציאליות שטיפלו במשפחות הרבות שבהן התרחשה אלימות, לא עברו הכשרה רגישת-תרבות. בנתניה הועסקו שתי עובדות סוציאליות יוצאות אתיופיה בהיקף של משרה ורבע, שלא עמדו בנטל: במאי 2007 המתינו לטיפול, במשך יותר משנה, תשעה יוצאי אתיופיה שהיו מעורבים באלימות במשפחה. עיריית נתניה ייחדה עובד סוציאלי אחד יוצא אתיופיה, בחצי משרה, לטיפול ב 400 זקנים. באשדוד מצא המבקר שבמחצית תיקי הטיפול בזקנים לא נרשם מעקב במשך שנה וחצי ויותר.

על אף השימוש הגבוה באלכוהול וסמים בקרב בני נוער יוצאי אתיופיה, רק ב-2007 גיבשה הרשות למלחמה בסמים תוכנית טיפול רגישת-תרבות, בעלות של 1.7 מיליון שקלים, שלא מומשה מסיבות תקציביות.

המבקר מצא שנתניה ואשדוד כמעט לא העניקו טיפול לנערים. עיריית נתניה הפנתה אחדים לעמותה, שב 2006 טיפלה בשבעה נערים ועד מחצית 2007 - באף אחד.