דו"ח מבקר המדינה בנושא משרד החינוך קובע כי המשרד ועיריית ירושלים לא מילאו את תפקידם ולא הצליחו להעמיד לרשות תושבי מזרח העיר מספיק כיתות לימוד חינוך הרשמי. המבקר מציין כי "ראשי משרד החינוך והעירייה לא פעלו בנחישות, כפי שהיה ראוי שיעשו, כדי לאפשר לתלמידים אלה לממש את הזכות הנתונה להם בהיותם תשובי קבע במדינת ישראל. במזרח ירושלים נשללה הזכות לחינוך על פי החוק מילדים ומנערים רבים".

האחריות להפעלת מוסדות חינוך במזרח ירושלים נמצאת בידי המדינה והעירייה. מדו"ח המבקר, עולה כי במזרח העיר חסרות כאלף כיתות לימוד, ומספרן גדל בהתמדה.

לפי הדו"ח, בשל המחסור המתמשך בכיתות לימוד, "השתמשה העירייה בחלופות זמניות שונות ונקטה פעולות ל'כיבוי שריפות' במשך שנים רבות". עוד נכתב כי מרבית הכיתות במזרח העיר ממוקמות בחדרים לא תקינים וכי חלק מהמבנים השכורים, בהם מתקיימים הלימודים, אינם מיועדים כלל לשמש מבני חינוך. הדו"ח גם מותח ביקורת על הנהלת משרד החינוך והנהלת העירייה כי למרות הצרכים הדחופים, נעשתה ע"י גופים אלה במשך השנים האחרונות פעילות מעטה בלבד בנושא.

מבקר המדינה מציין כי פרשנותה של עיריית ירושלים לפסק דין של בג"ץ משנת 2001, לפיה מוטלת עליה חובת הרישום רק לגבי ילדים הנרשמים לגני חובה ולכיתות א', מביאה ל"שיטת רישום הנחותה מזו הנהוגה במערב בעיר, ויש בה משום פגיעה בילדי מזרח ירושלים". העירייה ומינהל החינוך העירוני המשותף עם משרד החינוך אינם ממלאים את חובתם כלפי הילדים בנוגע ללימוד במוסדות חינוך רשמיים".

נושא נוסף שנידון בדו"ח הוא רשת הגנים של אגודת ישראל, אחת משתי הרשתות הגדולות ביותר של גני ילדים במגזר החרדי. המבקר קובע כי הרשת פוגעת בעובדיה ושוללת מהם זכויות שכר בסיסיות. רשת הגנים הגיעה בשנים האחרונות לגירעון גדול של יותר מ-100 מיליון שקלים, והמבקר כותב כי "את המחיר על שנים רבות של ניהול לא תקין של הרשת, ועל פיקוח ובקרה לא מספיקים של משרד החינוך, ישלמו העובדים".

המבקר קובע כי במשך חמש שנים קיצצה הרשת בשכר עובדיה "באופן שרירותי וחד-צדדי, לעתים שלא לפי דיני העבודה וזכויות העובדים". בהקשר זה מוסיף המבקר ש"מאחר שמשרד החינוך מממן את רוב תקציבה של הרשת ובידיו הכלים לנקוט צעדים מיידיים נגדה, יש לראות בחומרה את אוזלת היד שלו לנוכח שלילת זכויות שכר בסיסיות, אגב ניצול חולשתם של העובדים, שמרביתם נשים".

המבקר כותב כי במשך השנים שבהן בדק משרד החינוך את מצבה הכספי של הרשת היא המשיכה לצבור גירעונות, אולם הוא לא השתמש בכלים שברשותו כדי לפעול לשיפור המצב (למשל באמצעות הנפקת רישיונות להפעלת הגנים, א"ק) כדי לאלץ את הרשת לנקוט פעולות ממשיות לצמצום הגירעון".