בג"ץ דחה שתי עתירות שדרשו להורות ליועץ המשפטי לממשלה, יהודה וינשטיין, לפתוח בחקירה פלילית בכל מקרה בו מוגשת תלונה על עינויים או התעללות בנחקרי שב"כ. בג"ץ נתן הכשר להפעלת מנגנון של בדיקה מקדמית של תלונות נחקרים למבת"ן - מבקר תלונות נחקרים בשב"כ.

העתירות הוגשו בשנה שעברה על ידי ארגוני זכויות אדם רבים ומגוונים, שביקרו את אופן עבודת המבת"ן ואת עבודת הפרקליטות המכריעה אם לפתוח בחקירות פליליות נגד חוקרי שב"כ בעקבות תלונות על עינויים. בין העותרים גם קבוצת נחקרים שביקרו את האופן בו טופלה תלונתם על עינויים.

במסגרת ההליך בבג"ץ, הגיש הוועד הציבורי לבית המשפט דו"ח לפיו בין השנים 2001 ל-2008 לא העבירה הפרקליטות אף אחת מ-598 התלונות שהוגשו על עינויים או התעללות מצד השב"כ בחקירה, לחקירה פלילית.

השופט אליקים רובינשטיין כתב בפסק הדין כי "השב"כ כמובן אינו מעל לחוק ואינו חסין מביקורת; אך ברי כי יש גם מקום לסינון רלוונטי, מתוך התחשבות במאפייני עבודת השב"כ, ומבלי להיתמם, גם בחשש לתלונות שווא על רקע ניגוח פוליטי ואידיאולוגי".

יחד עם זאת קבע רובינשטיין כי החובה לפתוח בחקירה מקדמית מותנית בקיומה של תשתית ראייתית המצדיקה זאת וכי אין להורות על פתיחה בחקירה זו באופן שרירותי ומיידי.

ד"ר ישי מנוחין, מנכ"ל הוועד הציבורי נגד עינויים בישראל שנמנה על הגופים שעתרו לבג"ץ, מסר בתגובה כי "בית המשפט תמך בטענתנו המרכזית שאנשי שב"כ פעילים אינם יכולים לחקור תלונות נגד עמיתיהם, אך המשיך בהתעלמות רבת שנים מהגדרת שיטות החקירה הנהוגות בחדרי החקירות של השב"כ כעינויים. ברור לנו שבית המשפט נמנע מהגדרתם כך כי הדבר היה מחייב חקירה מידית פלילית של כל אותם חוקרי שב"כ מענים".

לדבריו, "המשך הימנעות מהכרעה זו גורמת לכך שפסיקות בג"ץ מנוגדות לנורמות של המשפט הבינלאומי המחייבות פתיחה מידית בחקירה פלילית עצמאית בתלונות על עינויים. כמו כן, החלטת בית המשפט שהמדינה תגיב תוך חודש לאפשרות הגשת 22 עררים פרטניים לגבי כל הקרבנות שהתלוננו בעתירות אלו, יתכן שתאפשר סעד משפטי לכל אותם קורבנות עינויים ותחייב בחינה דקדקנית של כל תלונה מחדש".