יותר משליש מתקציב הפעולות של החטיבה להתיישבות בהסתדרות הציונית לשנת 2009 יוקצה להתנחלויות בגדה המערבית. כך הוחלט בישיבת הממשלה ביום ראשון שעבר. החטיבה להתיישבות משמשת במשך שנים הזרוע המבצעת של הממשלה בכל הנוגע לבנייה ופיתוח בהתנחלויות. בישיבה הוחלט כי 66% מהתקציב יופנו לאזורי פיתוח א' ו-ב' כפי שנקבעו בצו לעידוד השקעות הון בחקלאות, ואילו 34% - כ-25 מיליון שקל - יופנו לגדה. ההחלטה התקבלה בעיצומו של המשבר עם ארה"ב בגלל דרישתו של ממשל אובמה שישראל תפסיק לחלוטין כל פעולות בנייה ופיתוח בגדה. בהחלטה צוין כי תוכנית החטיבה הנוגעת לפעילות של בינוי ופיתוח תשתיות באזור יהודה ושומרון ובקעת הירדן תובא מראש לאישור שר הביטחון ובמידת הצורך לאישור ראש הממשלה.

הקצאת כספים לחטיבה להתיישבות לצורך בניית התנחלויות סותרת לכאורה את החלטת הממשלה לאמץ את עקרונות דו"ח המאחזים של עו"ד טליה ששון ממרס 2005. בדו"ח נאמר כי החטיבה להתיישבות הקימה בעיקר מאחזים בלתי מורשים רבים, ללא אישור הדרג המדיני המוסמך. חלק מהיישובים ממוקמים בחלקם על קרקעות פרטיות של פלסטינים. לאור הממצאים החמורים המליצה ששון להפסיק את פעולות החטיבה להקמת התנחלויות אלא אם החטיבה תוסמך אד הוק על ידי הממשלה לתפקד כגוף מיישב לצורך הקמת יישוב או הרחבה של יישוב קונקרטי בגדה שהממשלה תחליט על הקמתו או הרחבתו. היא המליצה גם שמשרד האוצר יתאים את תקציבה לאותה החלטה.

בהחלטת הממשלה נאמר כי תקציב החטיבה להתיישבות מיועד בין היתר לפיתוח ושיקום תשתיות ליישובים ומתיישבים; מתן סיוע לפיתוח כלכלי ליישובים (אגודות) ולמתיישבים במרחב הכפרי; מתן סיוע וליווי חברתי וקהילתי ליישובים חדשים וותיקים במרחב הכפרי להשגת צמיחה דמוגרפית וקהילתית ולכידות חברתית ועוד.