בשנים האחרונות התפתח המערך הכירורגי של המרכז הרפואי שערי צדק לאחד המערכים הכירורגיים הגדולים והפעילים ביותר בישראל, לרבות מחלקות לכירורגית ילדים בניהולו של ד"ר ירון ארמון; מחלקה לכירורגית כלי דם בניהולו של ד"ר איליה גולדין, מחלקה לניתוחי כבד, לבלב ודרכי המרה בניהולו של פרופ' מנחם בן חיים ממובילי הכירורגיה בארץ בתחום זה; יחידה לניתוחי השמנת יתר בניהולו של ד"ר שפירא; יחידה לניתוחי שד בניהולה של ד"ר יהלי מילר; יחידה לניתוחי המעי הגס והחלחולת - ד"ר שלומי ילינק, ויחידת טראומה מהגדולות והמובילות בארץ בניהולו של ד"ר אלון שוורץ (יו"ר האיגוד לטראומה בישראל) שטיפלה בשנה החולפת גם בעשרות חיילים נפגעי מלחמת חרבות ברזל.
